所謂善始善終，說的就是開始要好結尾也要好，對于凍干機的運行來說，既然有好的開始，那么關機停運時自然也不能馬虎，也要按照正確的步驟來操作關機。
　　
　　1、將凍干機的快速充氣閥接嘴插入快速充氣閥座，同時關“真空泵”電源開關，使空氣緩緩進入冷肼;如需充入惰性氣體，則將惰性氣體的減壓導管連接“充氣口”;
　　
　　2、關閉凍干機的“真空計”、“制冷機”，如長期不用應拔掉電源線；
　　
　　3、提起有機玻璃罩，將物品取出，保存，冷凍干燥結束；
　　
　　4、冷肼中的冰化成水后，需將水從快速充氣閥口排除，操作與充氣相似；
　　
　　5、清理冷肼中的水分和雜質(zhì)，妥善保養(yǎng)設備；
　　
　　6、多歧管型，應逐個關閉橡膠閥并取下凍干瓶后再重復關機操作。